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一、以双方合意为首要标准合理确定工程量
随着建设部1995年12月发布的《全国统一建筑工程预算工程量计算规则》的推广应用，特别是自2003年7月1日起《建设工程工程量清单计价规范》施行后，实践中以发包人和承包人双方工地代表形成的签证体现而来的工程量清单，反映了发包方和承包方就实际施工工程量相互确认的合意结论，在工程量的确认、乃至之后的工程价款认定中发挥了越来越大的作用，应作为建设工程施工合同纠纷中工程量认定的首要依据。由于工程量清单在建设工程施工合同格式文本中属于必备组成部分，结合施工合同对施工进程的相应约定，可以认定：对工程量的种类、范围和计算办法，按照施工合同的明确约定进行计算和确认应作为司法实践中的首要标准。在此基础上，由于承包人在设计范围外超额施工或由于自身原因导致返工而增加工程量的情形较少、也不易引起争议，绝大多数的工程量变化争议是源自设计变更的缘故，对双方在施工过程中就设计变更事项形成的补充协议、会议纪要、工程变更单、工程对账签证等书面资料，在质证无疑后，也应作为结算工程量进而核算工程价款的补充依据。在举证责任的分担问题上，若发包人认为承包人实际施工的工程量少于合同或者合同附件中列明的工程量清单数量的，应当承担举证责任；若承包人认为其实际施工的工程量多于合同或合同附件列明的工程量清单数量的，也应当举证证明其根据发包人变更设计导致工程量增加的证据，否则应视为其自身超越工程设计范围施工或施工质量不合格导致返工而造成的工程量变化。这里应注意的是，如承包人缺乏上述变更书面资料但能够提供双方往来函件、记录等证据，证明其增加的工程量出于发包人要求和同意认可的，也应支持其如数计算工程量的要求。
二、以工程量清单计价为主、定额计价为辅确认工程价款
工程造价的核算依据，向来是发包方和承包方在司法纠纷中争执不下的矛盾焦点，实践中存在定额计价和工程量计价两种标准。所谓定额计价，是我国建国后沿用前苏联的计划经济体制做法，以定额为基础确定工程造价。工程造价人员根据施工设计图纸计算工程量，然后套取定额单价得出直接费用，再结合定额取费费率得出工程造价。其优点在于简单明了无争议，但却忽视了施工企业个体的实际技术和管理能力、材料采购渠道以及市场价格波动等重要因素的不同，在市场经济条件下不能适应建筑市场竞争的现实。考虑到建设工程定额标准是建设行政主管部门根据本地建设市场建安成本的平均值确定，包括完成单位工程量所消耗的劳动、材料和机械台班等的标准额度，其性质可归于政府指导价范畴，属于任意性规范，应允许双方当事人经协商订立与定额标准不一致的工程结算价格。而2001年建设部发布的《建筑工程施工发包与承包计价管理办法》第3条也规定，建筑工程施工发包与承包价在政府宏观调控下，由市场竞争形成；第12条同时规定，合同价可以固定价、可调价和成本加酬金的方式。因此，在建设工程施工合同款纠纷中，当事人对建设工程的计价标准或者计价方式有约定的，应首先按照约定结算工程价款。
同理，承包方因项目调整、设计变更要求增加工程造价的，如果要求调整的项目在原工程总报价说明范围以外而施工中确已发生的，对其诉请应予支持，具体价款仍应首先由双方协商确定。在双方不能达成一致的情况下，可参照建设工程施工合同签订当时的建设行政主管部门发布的计价方法或者计价标准结算工程价款。但应注意的是，建设施工合同明确约定工程款实行包干的，包干范围内的工程款一次包定，当事人要求变更的，不应支持。
最后，在工程质量验收不合格的情况下，即使建设工程施工合同有效，工程价款的结算问题也应根据最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第3条的规定处理：在修复后验收合格的，承包人应承担修复费用；验收仍不合格，发包人不仅可以拒绝领受该工程，还可以不支付工程价款。这也是符合《合同法》中关于一般承揽合同的原则规定。
三、以法定利率为限，以约定为主计算工程款利息‘
《建筑法》第18条规定，发包单位应当按照合同的约定，及时拨付工程款项。《合同法》的第283条也有相应的规定，明确了支付工程款是发包方的主要义务，其随附义务即为在无故未能按期足额支付工程款时承担由此产生的利息。此处利息的性质应归属于法定孳息，其计算标准不得超出国家法定利率，具体为中国人民银行发布的同期同类贷款利率。鉴于建设部颁布的建设工程施工合同的格式样本中已经分别就预付工程款、工程进度款和工程竣工结算款作出了约定，并进而明确发包人未按期支付工程款应承担应付款的贷款利息责任，而实践中绝大多数的建设工程施工合同均采用了建设部的上述格式样本，故而就发包人拖延支付的工程款应在法定利率范围内，按双方约定计付标准计算延期履行利息。这里要注意的是，工程欠款利息和承包方垫资利息同样在约定不明的条件下应加以不同处理。其缘由在于：承包方的垫资在理论上是以达到承接工程为目的而作出的自愿行为，在与发包方未就垫资利息的计算作出明确约定的前提下，如司法机关片面支持承包方要求返还垫资款利息的主张，则无疑相对加重了发包方的支付负担。
关于工程款利息的支付并无太多理论问题需要辨清，但在实践中对该利息的起算时间则有较多差异。从合同法的理论来说，自发生工程欠款事实之日起即应起算欠款利息。但由于建设工程施工的特殊性，发包人和承包人双方多约定按照建设工程施工的形象进度支付工程款，而实际施工中又常出现资料不完善、工期顺延或设计变更等因素，造成无法确定确切的付款时间节点，绝大多数施工合同在履行中难以按照原合同约定确定实际付款时间。故而，在双方未明确约定支付工程价款时间或约定不明时，司法实务需要事先明确若干大体公平的时间点来确定拖欠工程款的利息起算点。实践中有观点提出，工程款按工程造价鉴定确定的，应从鉴定结论作出时起算工程款利息。但由于诉讼中可能出现多次鉴定结论并存的局面，难以作为确定有效的起算时间。第二种做法是自判决确定支付之日起判令发包人支付利息，但对诉讼期间的工程款利息缺乏保护，不利于平衡承包人权益。第三种较为常见的做法依《合同法》第279条的规定将竣工验收合格之日作为拖欠工程款的利息起算日，其法理依据较为充足，但由于工程实际竣工日期在实践中多为建设工程质量管理站在竣工验收文件上签章日期，和施工完毕日期常出现较大差异，且存在很多不规范现象，给司法操作带来较大难度。鉴于以上因素，最高人民法院相关司法解释以工程是否实际交付为区分，规定了工程实际交付之日为应付款时间；建设工程未交付，但承包人已在竣工验收合格后合同约定时间内提交了竣工结算文件，发包人在合同约定时间或合理的审价期限内（一般为28天）不予答复的，视为发包人认可竣工结算文件，以承包人提交该结算文件之日为应付款时间。至于工程价款未结算、工程也未交付的，因结算条件尚未成就，应按权利人向司法机关正式主张权利即一审原告起诉日期作为应付款时间。
四、几种特殊情况下工程价款的确定标准
（一）发包人逾期不答复承包人的竣工结算文件，按竣工结算文件确定工程价款
考虑到司法实践中大量的建设工程施工合同纠纷案件双方当事人争议最大的是工程价款的结算问题，而其中多数集中于结算依据的认定问题上，而建设部制定的建设工程施工合同格式文本中对工程竣工结算的条款约定了相应的期限和程序等条件，因此，结合合同文本约定应认定当这些条件具备时即可产生相应的法律后果。按上述格式文本合同的要求，竣工结算的流程为：
1．工程竣工验收报告经发包人认可后28天内，承包人向发包人递交竣工结算报告及完整的结算资料，双方按照协议书约定的合同价款及专用条款约定的合同价款调整内容，进行工程竣工结算。
2．发包人收到承包人递交的竣工结算报告及结算资料后28天内进行核实，给予确认或者提出修改意见。发包人确认竣工结算报告通知经办银行向承包人支付工程竣工结算价款。承包人收到竣工结算价款后14天内将竣工工程交付发包人。
3．发包人收到竣工结算报告及结算资料后28天内无正当理由不支付工程竣工结算价款，从第29天起按承包人同期向银行按照贷款利率支付拖欠工程价款的利息，并承担违约责任。
4．发包人收到竣工结算报告及结算资料后28天内不支付工程竣工结算价款，承包人可以催告发包人支付结算价款……由此，最高人民法院的相关司法解释进一步确认了承包人在发包人收悉竣工结算文件后在约定时间内不予答复的，视为认可竣工结算文件，按双方约定处理，即承包人可直接依据该竣工结算文件主张工程价款。
应注意的是，由于司法解释在这种特定情况下推定了发包人应承担的义务，故此对承包人提交竣工结算文件的程序要求应严格把握。也即：承包人必须书面递交竣工结算文件，且不能适用留置方式；发包人方的接收人员除法人的法定代表人、其他组织的主要负责人外，必须限定在其内部具有收发职权的部门或负责人，由其签收或盖章。此手续将在诉讼中作为承包方举证证明发包人已经有效接受该文件的基本证据。同时，对发包人来说，若不能在约定的期限内对承包人提交的竣工结算报告全面审核认可，也必须在该期限内就其对报告内容的异议部分书面通知承包人，以回避不必要的风险。司法操作中应对上述手续进行严格审查，进而推定双方当事人的权利义务。
（二）双方就同一建设工程另行签订的施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，根据中标合同确定工程价款
在大型基础设施、公用事业等依法必须进行招标建设的工程项目中，发包方和承包方在订立合同方面的自由权利受到《招标投标法》的明确限定。该法第46条规定，招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起30日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议；第59条规定，招标人与中标人不按照招标文件和中标人的投标文件订立合同的，或者招标人、中标人订立背离合同实质性内容的协议的，责令改正；可以处中标项目金额千分之五以上千分之十以下的罚款。由于上述国家强制性法律规定的存在，双方当事人无论是出于发包方强迫、承包方要挟或串通一致，凡对同一建设工程的工程质量、工程期限以及包括垫资款在内的工程价款等核心问题在中标合同之外另行签订一份实际遵照执行的施工合同的，均应予以纠正，并根据最高人民法院的司法解释按照中标合同的约定核算工程价款。
裁判中应注意对此条款不能作绝对机械理解。招标投标法的上述规定与合同法关于合同当事人有权协商一致变更合同内容的规定之间并不存在绝对冲突。凡对施工合同中的工程质量、工程期限和工程价款这三项实质性内容作出变更的，只要确实属于双方协商一致，不侵犯国家、社会公共利益或他人利益的，均应予以承认；同样，出于设计变更、不可抗力等客观原因，双方经协商一致对工程质量、工程期限和工程价款的在先约定作出适当合理变更的，也不应认定为背离中标合同实质性内容。此即为司法裁判中的自由裁量权发挥之所在。
（三）双方约定按照固定价款结算的，从其约定
这也即是行业习惯中俗称的“包死价”、“一口价”。施工合同中约定按照固定价结算工程款的，一般是指按施工图预算包干，即以经审查后的施工图总概算或者综合预算为准，有的是以固定总价格包干或者以平方米包干等方式。此类方式均可不通过中介机构的鉴定或评估即可确定总价款。若实际施工中未发生合同修改或变更等情况导致工程量发生变化的，则应按照合同约定的包干总价款结算。
在司法实践中，有观点提出对此类固定价款结算方式也应适用情势变更原则予以调整。但最高人民法院的相关司法解释说明中已经明确指出情势变更原则旨在消除合同履行中出现的显失公平现象，适用于变更或解除合同，现阶段在我国合同法律体系中尚未得到体现，实务中不宜据以引用。且固定价款的约定对双方当事人而言具有一定风险分配的作用，经由双方协商确定建设施工风险的防御者和承担者，可以在一定程度上防止和限制不正当竞争行为的蔓延，调整建筑市场有序环境。如确实出现发包人和承包人之间利益重大失衡的情形，还可谨慎适用民法中的公平原则予以调整。